文明6作为一款大型策略游戏，在Windows、macOS和Linux三大主流操作系统下的兼容性各有特点，以下是对这三个系统在运行文明6时的最佳兼容性的详细分析和推荐：

Windows系统

1、广泛的用户基础：Windows系统拥有庞大的用户群体，这为游戏的推广和社区支持提供了良好的基础。

2、强大的硬件支持：Windows系统下的硬件性能强大，能够满足文明6的高要求，保证游戏的流畅运行。

3、丰富的开发资源：Windows系统的开发资源丰富，包括各种开发工具、库和教程，为开发者提供了便利，也确保了游戏在Windows平台上的稳定性和性能。

4、兼容性强：Windows系统能够运行绝大多数软件和游戏，包括文明6及其各种MOD和扩展包，虽然部分游戏或软件可能存在兼容性问题导致性能下降，但这种情况在主流软件和游戏中较为少见。

5、官方推荐：文明6游戏本体只支持64位版本的win7、win8、win10系统，对于大多数玩家来说，Windows系统是畅玩文明6的最佳选择。

macOS系统

1、独特的设计风格：macOS系统的界面设计简约大气，与文明6的美术风格相得益彰，为玩家提供独特的视觉体验。

2、性能表现优秀：macOS系统的性能表现也较为出色，能够提供流畅的游戏体验。

3、适合苹果电脑用户：对于已经拥有苹果电脑的用户来说，macOS系统是切换操作系统的理想选择，相对于Windows系统，macOS的软件资源较少，尤其是针对游戏的专业软件，操作方式可能与玩家习惯的Windows系统有所不同，需要一段时间适应。

4、注意事项：macOS系统本身并不直接支持文明6，但玩家可以通过安装Windows系统或使用虚拟机等方式来运行游戏。

Linux系统

1、稳定性高、安全性强：Linux系统的稳定性高、安全性强，能够为文明6提供稳定的运行环境。

2、不断发展和完善的软件生态：Linux系统的不断发展和完善，越来越多的软件开始支持Linux系统，包括文明6。

3、适合开源爱好者：Linux系统是一个开源的操作系统，适合对技术有深入了解和热爱的玩家，相对于Windows和macOS系统，Linux系统的用户基数较小，软件资源也相对较少，对于不熟悉Linux系统的玩家来说，使用门槛较高，需要一定的学习和适应过程。

4、特定显卡配置问题：文明6在Linux平台上的支持可能有限，特别是对于一些特定的显卡配置（如Intel核显和AMD显卡），可能会遇到兼容性问题，官方推荐的Linux系统版本是Ubuntu 16.04 / SteamOS，且推荐使用Nvidia GeForce 650以上的Nvidia显卡。

对于大多数玩家来说，Windows系统是畅玩文明6的最佳选择，它拥有广泛的用户基础、强大的硬件支持和丰富的开发资源，能够确保游戏的稳定性和性能。

如果玩家是苹果电脑用户，也可以考虑在Mac上通过安装Windows系统或使用虚拟机等方式来运行游戏，但需要注意可能存在的兼容性和使用门槛问题。

对于开源爱好者或对Linux系统有特殊偏好的玩家来说，可以尝试在Linux系统上运行文明6，但需要注意特定显卡配置的兼容性问题以及相对较少的软件资源。

最终选择哪个系统还需根据玩家的个人需求和偏好进行权衡。